El primer documento citando a los franciscanos en Dubrovnik data de 1235 y apunta a su convento de Santo Tomás, en el barrio de Pile que fue demolido con motivo de la declaración de guerra contra el rey serbio Uroš II Milutin en 1317 cuando probablemente se construyó el actual, dentro de la ciudad (en la Puerta de Pila). Al monasterio de le añadió una biblioteca en el siglo XVII y un seminario de teología en 1896 y la iglesia sufrió un proceso de barroquización tras el terremoto del 6 de abril de 1667.
El monasterio es uno de los monasterios franciscanos más grandes y monumentales. Tiene dos claustros, el superior (renacentista, de bóvedas de crucería y arcos de medio punto) e inferior (de estilo románico-gótico, con columnas ornamentales, roseta y capitel de diversas formas: geométricas, vegetales, animales y humanas) con bóvedas de crucería y pasillo superior. Mihoje Brajkov de Bar (primera mitad del s. XIII) creó este claustro que es considerado una de las mejores creaciones románico-góticas de la zona.
Tiene 120 columnas y 12 pilastras masivas. Los frescos de 1860 representan escenas de la vida de San Francisco. En la pared del claustro se encuentra el sarcófago de M. Gučetić, del siglo XIV, con relieves y en el centro del pasillo del claustro, una fuente con la figura de San Francisco. En una parte del monasterio franciscano se encuentra un inventario de objetos de la antigua botica franciscana de los pequeños hermanos (Mala Braća) del año 1317. Están muy bien conservados los muebles de la botica, del siglo XVI, y los botes procedentes de Siena y Florencia, de los siglos XV y XVI. Hay una variedad de prensas, morteros y aparatos para la destilación de agua del siglo XIV, así como recetas para la preparación de medicamentos, balanzas de precisión, etc.
En la biblioteca del museo se encuentran todavía valiosos manuscritos y piezas de coral, así como valiosas pinturas de artistas desconocidos, una reliquia de la cabeza Santa Úrsula del s. XIV y colecciones de joyas votivas.

 
Horario de verano (último domingo de marzo - último domingo de octubre):
09:00-18:00 h

Horario de Invierno:
09:00-17:00 h